Главна разлика је разлика у активном материјалу. Активни материјал секундарне батерије је реверзибилан, док активни материјал примарне батерије није реверзибилан. Самопражњење примарне батерије је много мање него код секундарне батерије, али је унутрашњи отпор много већи од отпора секундарне батерије, па је капацитет оптерећења мањи.
Поред тога, специфични капацитет масе и запремински специфични капацитет примарне батерије су већи од општих пуњивих батерија.
