Главна функција хидротермалног система управљања је одржавање топлотне равнотеже система горивих ћелија, враћање вишка топлоте и обављање помоћног грејања када се систем горивих ћелија покрене, како би се осигурало да унутрашњост горивих ћелија може брзо да достигне одговарајући температурни опсег, и да се осигура да катода У најбољем радном подручју са обе стране аноде.
Систем управљања топлотом воде углавном се састоји од електронског термостата, електронске пумпе за воду, радијатора, деионизатора и експанзионог резервоара.
Функција електронског термостата је да подешава проток воде велике и мале циркулације у систему за хлађење подешавањем отвора, како би се постигла прецизна контрола температуре.